Xã Tân Yên được thành lập theo Nghị quyết số 1658/NQ-UBTVQH15 ngày 16/6/2025 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp xã của thành phố Bắc Ninh năm 2025. Theo đó, xã được hình thành trên cơ sở sắp xếp toàn bộ diện tích tự nhiên và quy mô dân số của thị trấn Cao Thượng và các xã Cao Xá, Việt Lập, Ngọc Lý. Bộ máy chính quyền mới chính thức đi vào hoạt động từ ngày 01/7/2025, mở ra giai đoạn phát triển mới với quy mô và tiềm lực lớn hơn, tạo điều kiện thuận lợi để khai thác hiệu quả các lợi thế về điều kiện tự nhiên, vị trí địa lý và hạ tầng cơ sở.